Đây là khu vực có hoạt động nuôi trồng thủy sản phát triển mạnh, tiềm ẩn nguy cơ tác động đến môi trường nước và hệ sinh thái thủy sinh.

Nghiên cứu tiến hành thu mẫu trong hai đợt vào tháng 3 và tháng 6 năm 2019 tại tổng cộng 19 điểm, bao gồm 9 điểm ở Cần Thơ và 10 điểm ở An Giang. Kết quả cho thấy có 62 loài động vật không xương sống cỡ lớn được ghi nhận, thuộc 33 họ khác nhau. Trong đó, nhóm Gastropoda (thân mềm chân bụng) chiếm ưu thế về đa dạng với 11 họ (33%), tiếp theo là Insecta (côn trùng) với 10 họ (30%). Các nhóm còn lại như Oligochaeta, Polychaeta, Bivalvia và Malacostraca có số lượng họ thấp hơn, dao động từ 1 đến 5 họ.

Thành phần loài có sự biến động giữa các điểm thu mẫu và theo thời gian, với số loài ghi nhận từ 7–20 loài trong tháng 3 và 6–18 loài trong tháng 6. Các chỉ số sinh học BMWPVIET-HR dao động từ 18–51 và ASPT từ 2,6–4,9, phản ánh mức độ ô nhiễm trung bình tại phần lớn các điểm khảo sát. Tuy nhiên, một số khu vực ghi nhận mức ô nhiễm cao hơn, đặc biệt là các điểm như Thạnh Mỹ, Cái Sắn, Bến phà Bà Ót (Cần Thơ), và Cồn Khánh Hòa, bến phà Rạch Gốc (An Giang).

Kết quả nghiên cứu cho thấy mối liên hệ rõ rệt giữa hoạt động nuôi trồng thủy sản và sự thay đổi cấu trúc quần xã sinh vật đáy, đồng thời phản ánh tình trạng chất lượng nước tại khu vực nghiên cứu. Việc sử dụng các chỉ số sinh học như BMWPVIET-HR và ASPT chứng minh hiệu quả trong đánh giá nhanh chất lượng môi trường nước. Nghiên cứu cung cấp cơ sở khoa học quan trọng cho việc quản lý môi trường và phát triển nuôi trồng thủy sản theo hướng bền vững trên lưu vực sông Hậu.